Probiotyki wieloszczepowe to kategoria, która – jak sama nazwa wskazuje – zawiera zaawansowane preparaty probiotyczne, w skład których wchodzi więcej niż jeden szczep bakteryjny o udowodnionym działaniu prozdrowotnym. Obecnie wiadomo, że właściwości probiotyków są szczepozależne. Oznacza to, że działanie bakterii probiotycznych uzależnione jest nie tylko od ich rodzaju lub gatunku, ale także od konkretnego szczepu. Wybierając dany preparat probiotyczny warto zatem zwrócić uwagę na ilość bakterii w preparacie, rodzaj (np. Lactobacillus), gatunek (np. casei) oraz szczep bakterii, który wyrażony jest kodem literowo-cyfrowym, np. PXN 37.